Fmoc-Glu(OtBu)-OH ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) เนื่องจากกลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้ง่ายด้วยเบส ในขณะที่กลุ่ม OtBu (tert-butyl ester) ช่วยป้องกันกรดกลูตามิกไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างการสังเคราะห์ สารนี้จึงมีความสำคัญในการสร้างเปปไทด์ที่มีความซับซ้อนและมีความแม่นยำสูง นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพใหม่ๆ