ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์และเคมียา (medicinal chemistry) ในฐานะ building block อะมิโนพิพีรีดีนที่ได้รับการป้องกัน หมู่ Fmoc ช่วยให้เกิดการป้องกันแบบออร์โธกอนอล (orthogonal protection) ในระบบสังเคราะห์แบบเฟสแข็ง (solid-phase synthesis) ซึ่งช่วยให้สามารถประกอบโมเลกุลเชิงซ้อนแบบทีละขั้นตอนได้ นิยมใช้ในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการออกแบบสารประกอบชีวภาพที่ออกฤทธิ์ต่อตัวรับในระบบประสาทส่วนกลาง (central nervous system receptors) โครงสร้างของมันให้โครงนั่งร้านที่ถูกจำกัด (constrained scaffold) ซึ่งช่วยเพิ่มความจำเพาะและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในตัวประกอบยา ใช้อย่างแพร่หลายในเคมีแบบคอมบิเนตอเรียล (combinatorial chemistry) สำหรับการสร้างห้องสมุดสารประกอบที่หลากหลาย