สารประกอบนี้ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในรูปแบบที่ป้องกันของฮิสติดิน กลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่เอมีโน ในขณะที่กลุ่ม Dnp (2,4-dinitrophenyl) ป้องกันโซ่ข้างอิมาดาโซลของฮิสติดิน ส่วนประกอบ IPA (แอลกอฮอล์ไอโซโพรพิล) ช่วยในการละลายและการจัดการระหว่างการสังเคราะห์ ใช้กันอย่างแพร่หลายในสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) เพื่อให้มั่นใจในการถอดป้องกันและปฏิกิริยาคัปเปลิงแบบเลือกเฉพาะ ทำให้สามารถสร้างเปปไทด์ซับซ้อนด้วยความแม่นยำสูง การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในการพัฒนายา เปปไทด์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ และการวิจัยที่เกี่ยวข้องกับเปปไทด์ที่มีฮิสติดิน