สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการที่นิยมในการสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ โดยสารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันกลุ่มอะมิโน (amino protecting group) ที่เรียกว่า Fmoc (9-fluorenylmethoxycarbonyl) ซึ่งช่วยป้องกันไม่ให้กลุ่มอะมิโนทำปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการในระหว่างการสังเคราะห์ เมื่อสิ้นสุดกระบวนการ Fmoc สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างง่ายดายโดยใช้เบส เช่น ไพเปอรีดีน เพื่อให้ได้เปปไทด์ที่มีโครงสร้างที่ต้องการ นอกจากนี้ สารนี้ยังมีกลุ่มเมทอกซี (methoxy group) ที่ช่วยเพิ่มความเสถียรและความสามารถในการละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ ซึ่งช่วยให้กระบวนการสังเคราะห์มีประสิทธิภาพมากขึ้น