Fmoc-D-HoCit-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนหรือมีกรดอะมิโนที่ผิดปกติ เป็นสารป้องกันกลุ่มฟังก์ชันที่สำคัญในกระบวนการสังเคราะห์แบบของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis: SPPS) ซึ่งช่วยให้สามารถควบคุมลำดับของกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนายาใหม่หรือศึกษากลไกการทำงานของโปรตีนและเปปไทด์ในร่างกาย