สารประกอบนี้ใช้หลักในฐานะบล็อกก่อสร้างสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ซึ่งกลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ช่วยปกป้องหมู่อะมีนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ กลุ่ม (ไตรฟลูออโรเมทิล)ฟีนิลช่วยเพิ่มความเสถียรและความจำเพาะของโซ่เปปไทด์ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาและเปปไทด์ชีวภาพ การประยุกต์ใช้สำคัญในสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) ซึ่งช่วยให้ผลิตเปปไทด์ซับซ้อนได้ด้วยความแม่นยำสูง นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบของเปปไทด์และการออกแบบยาใหม่