สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ทำหน้าที่เป็นหน่วยก่อสร้างสำหรับเปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่เอมีน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ โครงสร้างของสารช่วยให้การเชื่อมต่อกับกรดอะมิโนอื่น ๆ ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ขณะที่รักษาความเสถียรระหว่างการสังเคราะห์ หลังจากโซ่เปปไทด์ถูกสร้างขึ้นแล้ว กลุ่ม Fmoc สามารถถูกกำจัดได้ง่ายภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าสำหรับการผลิตเปปไทด์ซับซ้อนในงานวิจัยและการประยุกต์ทางเภสัชกรรม