Boc-Orn(Fmoc)-OH ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะหน่วยย่อยสำหรับสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน การป้องกันแบบคู่ด้วยกลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) และ Fmoc (9-fluorenylmethoxycarbonyl) ช่วยให้ถอดกลุ่มป้องกันได้แบบเลือกเฉพาะและประกอบเปปไทด์ตามลำดับ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบ solid-phase (SPPS) ซึ่งช่วยนำหน่วยออร์นิทีนเข้าสู่สายเปปไทด์ด้วยความแม่นยำสูง ยังนำไปใช้ในการพัฒนายาที่มีฐานเปปไทด์ วัสดุชีวภาพ และเครื่องมือวิจัย เพื่อการศึกษาปฏิกิริยาและการทำงานของเปปไทด์ กลยุทธ์ป้องกันแบบ orthogonal ช่วยให้การสังเคราะห์มีประสิทธิภาพและควบคุมได้ดี ทำให้เป็นสารสำคัญในเคมีเปปไทด์ทั้งวิชาการและอุตสาหกรรม