Boc-Cys(Acm)-ONp ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในขั้นตอนการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของซีสเตอีนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เนื่องจากกลุ่ม Acm (Acetamidomethyl) ช่วยป้องกันกลุ่มไทออลของซีสเตอีนจากการเกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ ในขณะที่กลุ่ม Boc (tert-Butyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน นอกจากนี้ กลุ่ม ONp (p-Nitrophenyl ester) ช่วยอำนวยความสะดวกในการเกิดปฏิกิริยาการเชื่อมโยงเปปไทด์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) และวิธีแบบสารละลาย ช่วยให้สามารถประกอบเปปไทด์ซับซ้อนพร้อมการนำซีสเตอีนเข้าไปอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ต้องการการถอดป้องกันซีสเตอีนแบบเลือกสรรเพื่อการสร้างพันธะดิสัลไฟด์ ซึ่งสำคัญมากในเปปไทด์และโปรตีนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ สารเคมีนี้จึงเป็นเครื่องมือสำคัญในงานวิจัยทางชีวเคมีและการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนและมีความจำเพาะสูง