สารประกอบนี้ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกันกัน มันทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยสำหรับการสร้างเปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว (SPPS) กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ปกป้องสายข้างของไลซีนและกลุ่มอะมีน ป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างการประกอบสายเปปไทด์ สิ่งนี้ช่วยให้สามารถควบคุมลำดับและโครงสร้างของเปปไทด์ที่ถูกสังเคราะห์ได้อย่างแม่นยำ มันมีประโยชน์โดยเฉพาะในการผลิตเปปไทด์ที่ซับซ้อนสำหรับการวิจัย ยา และการใช้งานทางเทคโนโลยีชีวภาพ ซึ่งลำดับกรดอะมิโนเฉพาะเจาะจงมีความสำคัญต่อกิจกรรมทางชีวภาพ หลังจากการสังเคราะห์เปปไทด์เสร็จสิ้น กลุ่ม Boc สามารถถูกกำจัดออกภายใต้สภาวะกรดเพื่อให้ได้เปปไทด์ที่ต้องการ