Fmoc-Trp-Pro-OH ถูกใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการใช้เทคนิคเคมีของเปปไทด์แบบแข็ง (Solid-phase peptide synthesis, SPPS) กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน ในขณะที่ Trp (ทริปโตเฟน) และ Pro (โพรลีน) เป็นกรดอะมิโนที่สำคัญในการสร้างโครงสร้างและหน้าที่ของเปปไทด์ สารนี้ช่วยให้สามารถสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีลำดับเฉพาะได้อย่างแม่นยำ ซึ่งมีประโยชน์ในงานวิจัยทางชีวเคมี การพัฒนายา และการศึกษาฟังก์ชันของโปรตีน นอกจากนี้ ยังใช้ในการสร้างไลบรารีเปปไทด์สำหรับการคัดกรองสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพอีกด้วย