Cbz-B3A ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโมเลกุลทางชีวภาพอื่นๆ โดยทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโนในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ ช่วยป้องกันไม่ให้หมู่อะมิโนทำปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการในขั้นตอนต่างๆ ซึ่งทำให้สามารถควบคุมลำดับและโครงสร้างของเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีความซับซ้อนและมีประสิทธิภาพสูง