ใช้เป็นตัวเรเจนต์ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในการป้องกันหมู่ไฮดรอกซีในนิวคลีโอไซด์และคาร์โบไฮเดรต สามารถแนะนำกลุ่มป้องกันทริทิล (triphenylmethyl) อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะอ่อนโยน ซึ่งมีคุณค่าในการสังเคราะห์ไบโอโมเลกุลซับซ้อน เช่น ชิ้นส่วน DNA และ RNA ส่วนของอิมิดาโซลช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ทั่วไป ทำให้มีประสิทธิภาพในกระบวนการสังเคราะห์แบบเฟสของแข็งและการเตรียมสารกลางเภสัชกรรม นิยมใช้ในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็งที่ต้องการการจัดการกลุ่มฟังก์ชันอย่างแม่นยำ