Cl-amidine hydrochloride ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเป็นตัวยับยั้งที่แรงและเลือกสรรต่อโปรตีน arginine deiminases (PADs) เอนไซม์เหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการปรับเปลี่ยนโปรตีนหลังการแปลรหัส (post-translational modifications) โดยเฉพาะการแปลง arginine เป็น citrulline กระบวนการนี้เกี่ยวข้องกับภาวะทางสรีรวิทยาและพยาธิสรีรวิทยาต่างๆ รวมถึงโรคภูมิต้านตนเอง เช่น rheumatoid arthritis และ multiple sclerosis โดยการยับยั้งกิจกรรม PAD Cl-amidine hydrochloride ช่วยให้นักวิจัยศึกษาบทบาทของ citrullination ในกลไกโรคและสำรวจกลยุทธ์การรักษาที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับ epigenetics เนื่องจาก PADs มีส่วนในการควบคุมการแสดงออกของยีนผ่านการปรับเปลี่ยน histone การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวิจัยมะเร็ง ที่ซึ่งกิจกรรม PAD ที่ผิดปกติเชื่อมโยงกับการลุกลามของเนื้องอกและการแพร่กระจาย