Cl-amidine hydrochloride ใช้ในการวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชวิทยาเพื่อศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์ในร่างกาย โดยเฉพาะเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการปรับเปลี่ยนโปรตีนหลังการแปลรหัส (post-translational modification) เช่น เอนไซม์ PAD (peptidylarginine deiminase) ซึ่งมีบทบาทสำคัญในกระบวนการอักเสบและโรค autoimmune นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาเพื่อรักษาโรคที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบเรื้อรังและมะเร็ง โดยการยับยั้งกิจกรรมของเอนไซม์ PAD สามารถช่วยลดการอักเสบและชะลอการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็งได้