BB-Cl-Amidine นิยมใช้ในการวิจัยทางชีววิทยาและเคมี โดยเฉพาะในด้านการศึกษากระบวนการทางชีวเคมีและการปรับเปลี่ยนโปรตีน มันเป็นสารที่ใช้ในการยับยั้งเอนไซม์บางชนิด ซึ่งช่วยในการวิเคราะห์บทบาทของเอนไซม์เหล่านั้นในเซลล์ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีเพื่อการรักษาโรค โดยเฉพาะโรคที่เกี่ยวข้องกับความผิดปกติของกระบวนการทางชีวเคมีในร่างกาย