พอนโซ เอส ใช้เป็นสีย้อมในห้องปฏิบัติการทางชีววิทยาและเคมี เพื่อตรวจสอบโปรตีนในกระบวนการอิเล็กโตรโฟรีซิส โดยเฉพาะในเจลโพลีอะคริลาไมด์ ช่วยให้สามารถเห็นแถบโปรตีนได้ชัดเจนขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมสีเนื้อเยื่อในทางจุลพยาธิวิทยา เพื่อช่วยในการวิเคราะห์และศึกษาลักษณะของเซลล์และเนื้อเยื่อ พอนโซ เอส มีประสิทธิภาพสูงในการย้อมสีและให้ผลลัพธ์ที่คมชัด จึงเป็นที่นิยมในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์และการแพทย์