6-Bromo-4-chloropteridine ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีและชีววิทยาเป็นหลัก โดยเฉพาะในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีของสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก และการสังเคราะห์สารใหม่ที่มีศักยภาพทางยา นอกจากนี้ยังอาจถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ หรือเป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น ในวงการเภสัชวิทยา สารนี้อาจถูกนำมาศึกษาเพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีประสิทธิภาพในการรักษาโรคต่างๆ