ไอโซแซนโทพเทอรินถูกใช้หลักๆ ในการวิจัยทางชีวเคมีเป็นตัวบ่งชี้เรืองแสง ความสามารถในการปล่อยแสงเรืองแสงภายใต้สภาวะเฉพาะทำให้มีคุณค่าต่อการติดตามและแสดงภาพกระบวนการทางชีวภาพในงานศึกษาของเซลล์ นักวิจัยใช้ในการศึกษากิจกรรมของเอนไซม์ โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการเผาผลาญเพทรีน และติดตามการตอบสนองของเซลล์ในสถานการณ์ทดลองต่างๆ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารอ้างอิงในเคมีวิเคราะห์สำหรับการระบุและวัดปริมาณอนุพันธ์เพทรีนที่เกี่ยวข้องในตัวอย่างทางชีวภาพ คุณสมบัติการเรืองแสงที่เป็นเอกลักษณ์ยังช่วยในการพัฒนาเซ็นเซอร์ชีวภาพและเครื่องมือวินิจฉัยสำหรับตรวจจับปฏิกิริยาชีวเคมีเฉพาะ โดยเฉพาะในด้านการสังเคราะห์และการทำงานของรงควัตถุในสัตว์ เช่น ผีเสื้อและแมลงอื่นๆ รวมถึงบทบาทในกระบวนการทางพันธุกรรมและการแสดงออกของยีน