6-Hydrazinopurine ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางชีวเคมี โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์ของพิวรีน ซึ่งอนุพันธ์เหล่านี้มีความสำคัญในการศึกษากลไกของเอนไซม์และเส้นทางเมแทบอลิซึม โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่เกี่ยวข้องกับการเมแทบอลิซึมของพิวรีน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายารักษาศักยภาพ รวมถึงยารักษามะเร็งและยาต้านไวรัส เนื่องจากสามารถรบกวนการสังเคราะห์กรดนิวคลีอิก นอกจากนั้น ยังมีการประยุกต์ใช้ในเคมีเกษตรสำหรับการสร้างสารประกอบที่สามารถควบคุมการเจริญเติบโตของพืชหรือทำหน้าที่เป็นสารกำจัดวัชพืช ความสามารถในการสร้างอนุพันธ์ที่หลากหลายทำให้มีคุณค่าในบริบทการทดลองและอุตสาหกรรมต่างๆ