2-Chloro-6-cyclopropylpyrazine ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตโมเลกุลชีวภาพที่มีศักยภาพในการเป็นยารักษาโรคจิตเภทหรือยาต้านอาการซึมเศร้า นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ เนื่องจากคุณสมบัติทางโครงสร้างที่สามารถรบกวนการเจริญเติบโตของศัตรูพืชหรือวัชพืช ส่วนของ cyclopropyl และ pyrazine ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในเคมีอินทรีย์สำหรับการออกแบบโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง