3,5-Dichloro-2-methylpyrazine ใช้หลักในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา โครงสร้างไพราซีนของมันถูกนำมาใช้ในการสร้างสารที่ควบคุมการเจริญเติบโตของวัชพืชและการติดเชื้อราในพืชผลได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาเครื่องปรุงรส ซึ่งช่วยสร้างกลิ่นหอมแบบ savory และ roasted ในผลิตภัณฑ์อาหาร บทบาทของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์ก็สำคัญเช่นกัน โดยเฉพาะในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและวัตถุประสงค์อุตสาหกรรม