5,6-Dibromopyrazin-2-amine ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาท เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการจัดทำสูตรของสารประกอบที่ออกแบบมาเพื่อปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรค ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ มันถูกใช้ในการผลิตโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบผิว เพิ่มความทนทานและประสิทธิภาพ ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงสาขาอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ ซึ่งช่วยในการพัฒนาวัสดุใหม่สำหรับใช้ในอุปกรณ์เช่น ไดโอดเรืองแสงอินทรีย์ (OLEDs) และเซ็นเซอร์