(5-Chloropyrazin-2-yl)methanol ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีวงแหวนคลอโรไพราซีนและกลุ่มไฮดรอกซิเมทิล ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังโรคติดเชื้อและมะเร็งบางชนิด นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและวัชยากรเพื่อปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรค ความตอบสนองของสารนี้ยังช่วยให้ใช้ในการเตรียมโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและพัฒนาในเคมียารักษาโรค