สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลักในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และเคมีเภสัช โดยเป็นสารกลางที่ได้รับการป้องกัน มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ กลุ่ม tert-butyldimethylsilyl (TBDMS) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่ hydroxyl เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ส่วนประกอบ nitrobenzyl สามารถนำมาใช้ในงานโฟโตเคมี โดยทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่ไวต่อแสง (photolabile) ซึ่งช่วยให้ปล่อยสารออกฤทธิ์ได้อย่างควบคุมภายใต้สภาวะแสงเฉพาะ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบ prodrugs หรือระบบการส่งยาแบบกำหนดเป้าหมาย นอกจากนี้ โครงสร้างแกน pyrazolo[1,5-a]pyrazine ยังมีความน่าสนใจในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสำรวจสารที่มีคุณสมบัติทางรักษา เช่น ยับยั้ง kinase หรือยาต้านการอักเสบ การประยุกต์ใช้มักมุ่งเน้นไปที่การปรับเปลี่ยนทางเคมีที่แม่นยำ ในขณะที่รักษาความเสถียรระหว่างการสังเคราะห์