6-Chloro-2-methoxynicotinaldehyde ถูกใช้เป็นหลักเป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) โดยเฉพาะในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด โครงสร้างของสารนี้ช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนที่มีศักยภาพในการรักษา นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาเอนทิตีเคมีใหม่และศึกษากลไกปฏิกิริยา การประยุกต์ใช้ของสารนี้ยังขยายไปถึงการวิจัยเกษตรเคมี ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพในการกำจัดศัตรูพืชหรือสารกำจัดวัชพืช