5-Chloro-6-methoxypicolinaldehyde เป็นสารเคมีที่ใช้เป็นสารกลาง (intermediate) ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สารนี้มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น ยาต้านการอักเสบและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและพัฒนา โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิก ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อกิจกรรมทางชีวภาพ