6-Chloro-4-fluoronicotinaldehyde ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยาและเกษตรกรรม เป็นสารตั้งต้นหลักในการผลิตสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชที่มีประสิทธิภาพสูง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มฤทธิ์ทางเคมีและชีวภาพได้อย่างมีประสิทธิภาพ