(2-Methoxypyridin-3-yl)methanamine hydrochloride ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ มันอาจถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการผลิตสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทหรือมีฤทธิ์ต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนายาที่มีเป้าหมายเฉพาะเจาะจง เช่น ยารักษาโรคทางระบบประสาทหรือโรคที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกัน