สารประกอบนี้ใช้หลักๆ ในด้านการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังสาขาการรักษา เช่น การอักเสบ โรคติดเชื้อ และความผิดปกติของการเผาผลาญ หมู่ไตรฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม โครงสร้างทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ยังพบการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะ