3-Bromo-2-chloro-6-methoxypyridine ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน มันมีบทบาทสำคัญในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับตัวยารักษาโรคต่าง ๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและวัชยากรใหม่ ๆ ซึ่งช่วยเพิ่มการป้องกันพืชผล โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพและความปลอดภัยของยา