5-Fluoro-2-methoxy-3-methylpyridine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง รวมถึงยาต้านซึมเศร้าและยารักษาโรคจิต นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการต้านการอักเสบและยาแก้ปวด โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลที่มีการดูดซึมทางชีวภาพและประสิทธิภาพการรักษาที่เพิ่มขึ้น นักวิจัยยังสำรวจการใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ โดยใช้ประโยชน์จากคุณสมบัติทางเคมีเพื่อปรับปรุงการป้องกันพืชและผลผลิต