3-ฟลูออโร-5-เมทิลไพรีดิน-2-เอมีน ถูกนำไปใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี ในเภสัชกรรม สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาที่ออกฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา (APIs) ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและการติดเชื้อ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้สามารถพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเลือกสรรที่เพิ่มขึ้นได้

ในเกษตรเคมี สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้ในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช คุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ในการควบคุมศัตรูพืชและวัชพืช ซึ่งนำไปสู่การเพิ่มผลผลิตและคุณภาพของพืช นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการวิจัยและพัฒนาเพื่อสำรวจสารเคมีใหม่ที่มีศักยภาพในการบำบัดหรือประโยชน์ทางเกษตร ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน