4-Fluoro-3-nitropyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่ฟลูออรีนและไนโตร ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ ตัวอย่างเช่น มันถูกใช้ในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียหรือไวรัส นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง เนื่องจากความสามารถในการปรับปรุงคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารประกอบเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังพบการใช้งานในอุตสาหกรรมเกษตรเพื่อพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น