4-Chloro-3-methoxypyridin-2-amine ใช้หลักๆ ในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยารักษาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและภาวะอักเสบ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการปรุงประกอบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช คุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีประโยชน์ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกที่ซับซ้อน