4-Bromo-3-methoxypyridine hydrochloride ใช้เป็นสารกลาง (intermediate) ในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น โรคพาร์กินสันและโรคอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) มันมีบทบาทสำคัญในการผลิตส่วนผสมเภสัชกรรมที่ออกฤทธิ์ (APIs) สำหรับรักษาโรคเหล่านี้ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มโบรมีนและเมทอกซีที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย ซึ่งช่วยอำนวยความสะดวกในการทำปฏิกิริยาคัปปลิ้งต่างๆ รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ของมันช่วยเพิ่มความละลาย ทำให้เหมาะสำหรับใช้ในสภาวะปฏิกิริยาแบบน้ำ