เมทิล 5,6-ไดอะมิโนนิโคตีเนต ใช้หลักเป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับตัวรับอะเซทิลโคลีนแบบนิโคตินิก สารประกอบนี้ยังถูกนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นหน่วยพื้นฐานในการวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพในการรักษาโรค ความหลากหลายในการใช้งานทำให้มีคุณค่าทั้งในภาคอุตสาหกรรมและวิชาการสำหรับการส่งเสริมการค้นพบยาและนวัตกรรมทางเคมี