Methyl 5-amino-6-chloronicotinate ใช้หลักเป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชันอะมิโนและคลอโรที่ทำปฏิกิริยาได้ ซึ่งช่วยให้เกิดการดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติม การประยุกต์ใช้มุ่งเน้นไปที่การวิจัยและการผลิตทางเคมีในระดับอุตสาหกรรม