5-Chloro-3-fluoro-2-nitropyridine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมการผลิตสารเคมีทางการเกษตร โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารกำจัดศัตรูพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีทั้งคลอรีน ฟลูออรีน และไนโตรกรุ๊ป ทำให้มีประสิทธิภาพสูงในการยับยั้งการเจริญเติบโตของศัตรูพืช นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารตั้งต้นสำหรับการผลิตยา โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียและเชื้อรา โครงสร้างเฉพาะของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา ในด้านการวิจัย 5-Chloro-3-fluoro-2-nitropyridine ถูกใช้เป็นสารกลางในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีต่าง ๆ รวมถึงการพัฒนาวิธีสังเคราะห์ใหม่ ๆ ที่มีความแม่นยำและประสิทธิภาพสูง