6-Fluoro-2-methoxynicotinonitrile เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในขั้นตอนการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาต้านจุลชีพหรือยาที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยเพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีความจำเพาะต่อเป้าหมายทางชีวภาพสูง เนื่องจากโครงสร้างของสารนี้มีความเหมาะสมสำหรับการปรับเปลี่ยนทางเคมีเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา