6-Chloro-4-methoxynicotinonitrile ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งอาจนำไปใช้ในการผลิตยาหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพที่อาจมีประโยชน์ในอนาคต