6-Chloro-2-methylnicotinaldehyde ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) มีบทบาทในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น สารต้านการอักเสบและสารต้านจุลินทรีย์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและวัตถุประสงค์อุตสาหกรรม กลุ่มอัลดีไฮด์ที่ทำปฏิกิริยาได้ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษาโรค