6-Chloro-2-methoxynicotinonitrile ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยารักษาโรคที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบและต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีที่มีฤทธิ์ในการยับยั้งเอนไซม์เฉพาะทาง ซึ่งช่วยในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และการออกแบบยาใหม่ๆ ด้วยโครงสร้างที่มีความเฉพาะเจาะจงทำให้สารนี้มีบทบาทสำคัญในงานวิจัยทางเคมีและเภสัชกรรม