6-Chloro-2-fluoronicotinic acid เป็นสารเคมีที่นิยมใช้ในการสังเคราะห์สารตั้งต้นสำหรับการผลิตยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันมักถูกใช้เป็น intermediate ในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านเชื้อแบคทีเรียหรือยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารประกอบต่างๆ โดยเฉพาะในกลุ่ม heterocyclic compounds ซึ่งมีความสำคัญในทางเภสัชวิทยา