6-Methoxynicotinimidamide hydrochloride ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาเคมีทางการแพทย์และการวิจัยเภสัชภัณฑ์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โดยเฉพาะสารที่มุ่งเป้าไปยังการยับยั้งเอนไซม์หรือการปรับเปลี่ยนตัวรับ (receptor modulation) โครงสร้างของมันมักถูกนำมาใช้ในการพัฒนาผู้สมัครยาที่มีศักยภาพสำหรับการรักษาโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง การอักเสบ หรือการติดเชื้อจากจุลินทรีย์ นักวิจัยยังใช้สารนี้ในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม (SAR) เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยารักษา นอกจากนี้ ยังอาจนำมาใช้ในการเตรียมอนุพันธ์นิโคตินาไมด์ ซึ่งถูกสำรวจบทบาทในเส้นทางการเมแทบอลิซึมและการส่งสัญญาณในเซลล์