2-Chloro-6-(methylsulfonyl)pyridine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีทางการเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายากำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารเคมีหลักในการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น กลุ่มซัลโฟนิลและคลอโรทำให้เป็นส่วนประกอบที่หลากหลายในปฏิกิริยาเคมี สามารถนำเสนอคุณสมบัติเฉพาะเจาะจงลงในสารประกอบเป้าหมาย