ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฐานซัลโฟนาไมด์ หมู่คลอโรซัลโฟนิลที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยากับอะมีนได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตรและอนุพันธ์ไพรีดินที่ถูกปรับแต่งซึ่งใช้ในเคมียารักษา เนื่องจากมีหน้าที่เอสเทอร์และซัลโฟนิลคลอไรด์ จึงทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับการปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติมในห้องปฏิบัติการวิจัยและกระบวนการอุตสาหกรรม