2-Ethynyl-3-fluoropyridine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในด้านการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอัลไคน์และฟลูออรีน ทำให้มีศักยภาพในการทำปฏิกิริยาเคมีที่หลากหลาย มักถูกนำมาใช้ในการสร้างโมเลกุลเป้าหมายสำหรับการศึกษาทางเภสัชวิทยา รวมถึงการพัฒนายาต้านมะเร็งและสารต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการวิจัยทางเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ๆ ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น