2-บรอมโม-3-ฟลูออโร-5-เมทอกซีไพริดีนเป็นสารเคมีที่ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรเคมี มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตยาชนิดต่าง ๆ เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยารักษาโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช เนื่องจากโครงสร้างโมเลกุลที่มีทั้งหมู่โบรมีน ฟลูออรีน และเมทอกซี ทำให้มีความเฉพาะเจาะจงและประสิทธิภาพสูงในการทำปฏิกิริยาเคมีต่าง ๆ