5-Chloro-4-iodopyridin-2-amine ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารตั้งต้นที่หลากหลายสำหรับการพัฒนาสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันที่มีทั้ง chloro และ iodo ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่มักพบในส่วนประกอบยาสำคัญ สารนี้ยังนำไปใช้ในสาขาวิทยาศาสตร์วัสดุ เพื่อพัฒนาวัสดุใหม่ที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์หรือโฟโตนิกเฉพาะ นอกจากนี้ ความสามารถในการเกิดปฏิกิริยาของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมได้ ซึ่งช่วยให้ผู้วิจัยปรับแต่งคุณสมบัติสำหรับการใช้งานเฉพาะในยาฆ่าแมลงและสีย้อม