2-Chloro-4-fluoro-3-iodopyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรกรรม เนื่องจากโครงสร้างที่มีฮาโลเจนหลายตัว ทำให้มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างสารประกอบอื่นๆ ที่มีความซับซ้อน ในอุตสาหกรรมยา สารนี้มักถูกใช้เป็น intermediate ในการสังเคราะห์ยาใหม่ๆ โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียหรือไวรัส นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายารักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง ในด้านเกษตรกรรม 2-Chloro-4-fluoro-3-iodopyridine ถูกใช้ในการพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช เนื่องจากมีความสามารถในการยับยั้งเอนไซม์หรือกระบวนการทางชีวเคมีที่สำคัญในศัตรูพืช นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำสารนี้ไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีอินทรีย์ เพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น และลดการสร้างของเสียในกระบวนการผลิต